序一序二序三卷之一初诞第一问护养法第二问噤风撮口脐风第三问脉法第四问（无方）变蒸第五问五脏所主第六问（无方）五脏病证第七问（无方）肝脏第八问心脏第九问脾脏第十问卷之二肺脏第十一问肾脏第十二问面上证气色
序凡例上品丹砂云母石钟乳矾石朴硝滑石禹余粮紫石英五石脂扁青菖蒲菊花甘草干地黄术菟丝子牛膝柴胡麦门冬车前子木香薏苡仁泽泻龙胆细辛石斛蓍实黄连黄肉苁蓉防风续断决明子丹参五味子蛇床子沙参菌桂松脂槐实柏实茯苓
铜人鍼灸经
序上卷背痈论肺痈论无名肿毒论对口疮论脑疽论囊痈论臂痈论乳痈论肚痈论恶疽论疔疮论唇疔论鬓疽论下卷杨梅疮论腰疽论瘰论顽疮论脚疽论痔漏论大肠痈论小肠痈论
初生沐浴噤风撮口脐风气闭啼伤风咳嗽疟吐吐泻霍乱积痢疳肿胀惊风惊风死症歌脉法慢惊慢脾风毒惊瘫鹤膝候痫腹痛虫心痛咽喉暑脱肛热黄胆淋症（附白尿）眼目赤肿痧疹
重修本草之记重修证类本草序政和新修经史证类备用本草序证类本草所出经史方书卷第一嘉补注总叙本草图经序开宝复位序唐本序梁·陶隐居序上合药分剂料理法则补注所引书传林枢密重广本草图经序雷公炮炙论序新添本草衍义
正文补编·卷上论温热病舌黄舌绛烟煤舌舌黑舌淡红无色舌白如粉验齿温热论补编·卷下崩漏标本证治崩漏虚实证治论妇女湿温病韩善征辟产后忌寒凉宜温热及大补气血论
本草乘雅半偈自序本草乘雅义例别录〔衍〕本草乘雅凡例乘雅半偈采录诸书大意第一帙紫芝青芝赤芝黄芝白芝黑芝人参甘草黄蓍实菟丝子莲实茯苓柏实云母丹砂菖蒲赤箭薯蓣干地黄枸杞菊花麦门冬太一余粮石钟乳龙骨蜂蜜第二帙
锲斗垣申君校正外科启玄序序校正外科启玄自序外科启玄附痘科序后序卷之一明疮疡标本论明疮疡脉理论明疮疡是阴阳相滞论明疮疡分五善七恶论明疮疡原无定处论明疮疡色脉形症当参相应论明疮疡部位所属经络论明疮疡生十二
《本草衍义》提要序卷一序例上衍义总叙卷二序例中卷三序例下内容卷四玉泉丹砂空青绿青云母石钟乳朴硝芒硝硝石英硝矾石滑石紫石英白石英赤石脂白石脂石中黄子婆娑石无名异菩萨石卷五金屑银屑水银水银粉雄黄雌黄石硫黄