序一序二序三序四卷一（礼集）正医法反医法顺医法逆医法内治法外治法完治法碎治法大治法小治法偏治法全治法生治法死治法卷二（乐集）上治法中治法下治法先治法后治法急治法缓治法本治法末治法不内外治法阴治法阳治法
卷一中风肝风眩晕头风虚劳卷二咳嗽吐血失音肺痿卷三遗精淋浊阳痿汗脱脾胃木乘土肿胀卷四积聚痞噎膈反胃噫嗳呕吐吐蛔不食肠痹便闭肺痹胸痹哮喘呃疸卷五风寒风温温热暑湿燥疫痧疹瘰痰痰饮卷六郁肝火不寐卷六三消脾瘅疟
尚论后篇
绪言第一卷温热总论论温热四时皆有（添加）论温热五种辨法论温热与风寒各异论温热伏气与新感不同（添加）论温热即是伏火（添加）论湿火之症治论燥火之症治论温热本症疗法（添加）论温热兼症疗法其一兼风其二兼寒其三
内外伤辨惑论
第1部分第2部分
自序卷一·温病方论春温集补证治并方附：风温附：冬温附：温疟附：温毒发斑附：医案三则春温病论温热病脉论温病方五道附：集方二十九道卷二·热病方论夏热集补证治并方总论温热死脉死证附：湿温附：阳毒发斑附：阴毒
伤寒心境别集
自序序一序二序三序四序五凡例卷一·医学溯源养生稽古阴阳水火生克运气运气总论十二化五运歌十二支年六气歌流年起六气歌客气交日歌逐年主气歌逐年客气歌脏腑（附：腔子、脂膜）脏象应天地脏腑贵贱脏腑命名释义脏腑相
序叙自叙御定医宗金鉴麻疹卷一疹原轻重麻疹主治大法麻疹未出证治麻疹见形证治麻疹收没证治卷二身热不退烦渴谵妄喘急咳嗽喉痛失音牙疳呕吐泻泄痢疾腹痛衄血瘙疹盖痘疹瘾疹卷三 （附采诸家麻后证治）麻后龟胸麻后肺痿